Στο πλαίσιο του Προγράμματος ενισχύονται οι ΜΚΟ στην Ελλάδα για την υλοποίηση δράσεων που στοχεύουν:

• Στη μείωση των κοινωνικών ανισοτήτων, της φτώχειας και του κοινωνικού αποκλεισμού.
• Στην προστασία των ανθρωπίνων δικαιωμάτων, συμπεριλαμβανομένων των δικαιωμάτων των μειονοτήτων.
• Στην ενδυνάμωση των δομών των ΜΚΟ.
• Στην ανάδειξη της δημοκρατίας, της διαφάνειας και της ορθής διακυβέρνησης.

Όλες οι ΜΚΟ που. λαμβάνουν χρηματοδότηση από το Πρόγραμμα, συμμετέχουν σε δραστηριότητες ενδυνάμωσης δομών και ανάπτυξης ικανοτήτων (capacity building), οι οποίες διοργανώνονται από το Ίδρυμα Μποδοσάκη καθ’ όλη τη διάρκεια υλοποίησης του Προγράμματος.